丸劑在生產過程中原料藥帶菌是污染的主要環節，應采取適當的方法進行滅菌，常用方法有水洗法、氣體滅菌法、熱壓滅菌法等，滅菌不應破壞藥物的有效成分。
全自動水丸機等制丸工具、設備、生產環境及個人均應注意清潔衛生，以提高丸劑的質量。
丸劑干燥時應注意經常翻動。以免干濕摻半或爆裂，影響質量。采取不同的方法。含芳香性藥物或貴重藥物的丸劑。
水丸機制丸藥材研粉，有時不宜共研，如貴重類、粉末類及揮發性藥物應分別研細，再行稱準混合，以防止與原定分量之差異。粘合劑與藥物細粉混合應按一定比例進行。
全自動水丸機制丸時，粘合劑與藥粉混合應充分均勻，粘合劑溫度不宜過高，尤其組方中含有揮發性或遇熱易破壞有效成分的藥物時，更須注意，以免影響藥效。
丸劑貯存應根據藥物性質。多用瓷制或玻璃制的容器貯存，一般丸劑可用蠟紙封存。應注意防潮、防霉、防蟲蛀。水丸、糊丸及濃縮丸均不宜久貯。
如果需要制造的的藥丸中含有豐富的纖維，藥丸的表面容易出現粗糙現象，如果在制作藥丸的藥料是放入的藥粉過粗；對丸子外觀要求較高的，可放入足夠的蜂蠟，也就是潤滑劑。制作的藥料中含有礦物質、貝殼類的藥物，并且是過量了，那么一樣會導致藥丸子表面粗糙。
在拌料時注意所舔加水（蜂蜜）量，水量過多制出藥丸過稀容易變形，水（蜂蜜）量過少藥丸沒有粘性，所以加水量也取決制作出的藥丸是否美觀。具體操作方法如下：
1.將藥物曬干后，粉碎加工成粉末，細度為80-100目。熟地等藥物，可采用絞肉機絞擠方法，反復多次即可達到泥槳狀物料。
2.藥粉、蜂蜜、少量的糊精（藥面與蜂蜜的比例為10∶1），攪拌成面團狀。值得注意的是，藥粉攪拌的粘性要適中，不能太軟或太硬，要攪拌得均勻不粘手。
3.糊精必須加水熬成糊狀，熬制時必須用勺子不停的攪拌。
4.使用過程中嚴禁在出丸軸上加食用油，否則藥丸粘刀不容易脫落。
